Fu il re burgundo Sisgismondo – il primo re barbaro a convertirsi al cristianesimo – a volere la costruzione dell'abbazia il 22 settembre 515, su uno sperone di roccia nelle Alpi Pennine, attorno alla valle del fiume Rodano. Sigismondo, che successe al padre Gondebaudo nel 516, fece dell'abbazia una meta di pellegrinaggio per il suo popolo che aveva dovuto seguirlo nell'adesione alla nuova fede. Forse per questo scelse il luogo in cui nel 381 il vescovo di Martigny aveva fatto costruire un primo santuario dedicato ad accogliere le spoglie di san Maurizio. Anche Maurizio era un pagano, un generale romano che, convertitosi al cristianesimo, secondo la tradizione, fu ucciso assieme a tutti i soldati della legione Tebea alla fine del III secolo perchè si rifiutavano di offrire sacrifici all'imperatore.
Oggi l'abbazia di Saint-Maurice di Agauno, nel Canton vallese in Svizzera, celebra con un anno giubilare (che si concluderà il prossimo 22 settembre) i 1500 anni dalla fondazione. Il 1° agosto ha accolto il 95° abate della sua storia, Jean Cesar Scarcella, che nel corso di una solenne celebrazione, ha ricevuto dalle mani del vescovo di Sion, Jean-Marie Lovey, le insegne pontificie – l'anello, la mitra e il pastorale – mentre la lettura del mandato apostolico di Papa Francesco ha segnato il legame con la Chiesa universale. "Sì, lo voglio" ha risposto il nuovo abate alle domande di rito: la fedeltà all'impegno canonico, l'istruzione e la condotta dei fratelli, l'obbedienza alla Chiesa, la preghiera per il popolo di Dio.
In un comunicato redatto dall'abate uscente di Saint- Maurice, Joseph Roduit, i presuli della Conferenza episcopale svizzera della quale l'abate fa parte, hanno sottolineato come la religione sia un fattore importante nella storia del paese "sia nella ricerca del bene sia, a volte, nel male purtroppo suscitato. Anche se la Svizzera ha conosciuto delle tristi guerre di religione, bisogna riconoscere il ruolo essenziale delle Chiese. Esse hanno perseverato nell'annuncio del Vangelo".
L'abbazia, la più antica dell'Europa occidentale occupata in modo permanente, ha avuto un ruolo fondamentale nella storia della regione. Il centro monastico – nonostante il sacco dei Longobardi nel 574 – ebbe una grande fioritura nei primi due secoli di vita, con cinquecento monaci che si alternavano all'interno della chiesa per officiare il rito della laus perennis. L'ininterrotta lode a Dio era il prezzo dell'espiazione del suo fondatore, Sigismondo, che si era macchiato del terribile delitto dell'uccisione del figlio Sigerico. Questa forma di preghiera fu mantenuta fino al IX secolo, ma intanto la presenza dei monaci iniziava a declinare mentre diversi terremoti, a più riprese, costrinsero a ricostruire gli edifici.
Re e imperatori se ne aggiudicarono il possesso nel volgere delle dinastie e delle alleanze politiche. Il re dei Franchi Carlo il Calvo (840-877) la ottenne dallo zio materno Uberto e la regalò al nipote Bosone V di Provenza. Nell'888 a Saint-Maurice fu incoronato il primo re di Borgogna, Rodolfo.
Tra il 1103 e il 1147, Amedeo III di Savoia, che ne era abate laico, favorì la rinascita del complesso monastico. Nel 1128 i canonici che nel frattempo avevano sostituito i monaci, abbracciarono la regola di sant'Agostino.
L'Alto Medioevo fu l'epoca in cui l'abbazia esercitò un rilevante ruolo politico nel territorio, con alcuni abati che furono anche vescovi di Sion e quindi conti del Vallese e in altri casi si allearono con la casa di Savoia in contrapposizione al vescovo-conte del Vallese. Questo ruolo politico sarebbe cessato dal 1798 con la rivoluzione vallesana; fu allora che Saint-Maurice diventa abbazia territoriale.
Il 3 luglio 1840 con il breve "In amplissimo" di papa Gregorio XVI agli abati di San Maurizio fu concesso in perpetuo il titolo di vescovi di Betlemme. Il 4 agosto dello stesso anno lo stesso Papa con il breve "Ea est dignitas" concesse all'abbazia numerosi privilegi, mentre i confini con la diocesi di Sion furono sanciti l'11 ottobre 1933 con la bolla "Pastoralis cura" di papa Pio XI.
L'abbazia, così come la località di Saint-Maurice, sono sul percorso della via Francigena – l'antica via dei pellegrinaggi verso Roma – e si pone al centro del dialogo interculturale e interreligioso delle diverse chiese cristiane presenti sul percorso.
"All'interno di un mondo che costantemente cambia – ha scritto ancora l'ex abate Riduit – questa abbazia dimora come un faro dentro la tempesta di idee che in tante occasioni hanno cercato di screditare i valori della preghiera e l'azione cristiana ispirata al Vangelo".